Un jour comme les autres se déroule dans la petite ville de Morioh. Koichi Hirose sert de narrateur et parle de Toyohiro Kanedaichi, un ermite qui vit depuis des années dans un pylône électrique. L'intrigue introduit deux autres élèves du lycée Budogaoka. Une jeune fille nommée Chiho Futaba et un jeune garçon nommé Takuma Hasumi qui discutent eux aussi de l'ermite dans le pylône. Quand Chiho demande s'il est vraiment possible de vivre autant de temps sans quitter sa tour, Takuma dit qu'il connait une une femme qui a vécu dans un coin entre deux immeubles pendant un ans. Chiho se demande si cette histoire est bien vraie ou si c'est une autre légende urbaine.
La nuit de la fin de l'année scolaire, Chiho poignarde une personne chère à elle ; cette dernière murmure alors le nom de son pouvoir Stand avant de mourir : "Memory of Jet".
C'est la période des vacances d'hiver suivant les évènements de la partie 4. Koichi Hirose et Rohan Kishibe voient dans la rue un chat couvert de sang. Il n'est pas blessé, et est en fait couvert du sang de quelqu'un d'autre. Cet evènement marque le début d'une longue histoire.
L'intrigue saute dans le passé et nous découvrons Akari Hirai, une jeune femme qui par le passé vivait dans la campagne près de Morioh. Akari voulait vivre dans la cité et s'installant alors au coeur de Morioh. Elle devint ensuite la petite amie d'un architecte nommé Teruhiko Oogami. Un jour cependant, Akari reçut l'appel d'une femme nommée Hanae Orikasa qui lui révéla qu'Oogami trempait dans une affaire de détournement de fonds ; Akari trouva alors un sac rempli d'argent, au moins 50 millions de yens. Akari appela Teruhiko pour savoir ce qui se passait, mais celui-ci l'attira sur le toit de son immeuble de bureau et la poussa dans un espace fermé entre deux immeubles. Akari survécut à la chute mais était coincée. Etrangement, elle ne voulait pas tout de suite appeler à l'aide et l'isolation pesa sur sa psyché. Après un temps, Oogami la recontacta depuis le toit, la félicitant pour sa chance.
Dans le présent, Koichi et Rohan attrapent le chat et regardent son collier pour savoir d'où il vient. Il parviennent à retrouver la maison de son propriétaire, et découvrent à l'intérieur le corps d'une femme morte, qu'on a visiblement percuté avec une grande violence. Pourtant la maison était fermée à clef et il semble qu'elle soit morte sur place, avec aucun indice quant à l'arme du crime. La femme s'appellait Hanae Orikasa.
L'intrigue introduit Chiho Futaba, une jeune élève du lycée Budogaoka férue de littérature. En 1995 quand elle avait 12 ans, Chiho s'était faite agresser par un voyou mais un jeune garçon qu'elle ne connaissait pas vola à sa rescousse. Ce jeune garçon sortit un couteau et fit fuir le voyou avant de partir. Bien qu'elle ne souvint pas du garçon, l'incident l'à marqué à vie. Au collège, Chiho se découvre une vocation pour devenir autrice et commence à lire de plus en plus. Elle rencontre et se lit d'amitié avec un aîné de 17 ans nommé Takuma Hasumi qui est aussi amateur de littérature et qui semble avoir une mémoire infaillible. De plus, elle soupçonne que Takuma est le garçon qui l'a sauvée il y a quelques années mais Takuma dénie avoir aucune connaissance de l'incident. Takuma est plutôt froid, et très solitaire, ne trainant que dans des endroits spécifiques comme la bibliothèque municipale (surnommée le "Bâtiment Epineux" à cause des ronces poussant dessus) ou une maison spécifique.
On apprend le passé de Takuma. Takuma est un orphelin de parents inconnus qui fut placé peu après sa naissance dans un orphelinat chrétien en 1982. Très vite, on découvrit que Takuma avait une mémoire eidétique et pouvait se souvenir de toute sa vie dans les moindres détails. Cependant, le poids des souvenirs l'accablait jusqu'à ce qu'un jour, un livre apparut près de lui. Ce livre, qu'il nommera plus tard "The Book", était un pouvoir Stand qui le soulageait en stockant ses souvenirs dans les pages du livre.
Dans le présent, Rohan et Koichi discutent de la mort de Hanae. Ils examinent alors le chat lui-même avec Heaven's Door et apprennent alors que Hanae a été tuée par un jeune garçon avec des cicatrices rouges sur les deux bras. Ils partent ainsi à la poursuite du coupable.
Le 6 janvier 2000, le dernier jour des vacances d'hiver, Chiho et Takuma vont au Bâtiment Epineux pour retrouver un livre qui serait hanté, mais font choux blanc. Plus tard, Takuma repense au moment où il tuée Hanae Orikasa, l'ancienne amante de son père.
Dans le passé, Teruhiko essaie de forcer Akari à révéler où est l'argent, mais Akari se tait. Par représailles, il essaie de l'empoisonner avec de l'acide.
Dans le présent, Takuma se prépare à aller au lycée et a passer une journée comme les autres. Sa routine consiste à suivre les cours, parler à certaines personnes, et à passer du temps avec Chiho, bien qu'il garde les raisons pour ceci secrètes. Au lycée, il remarque que Koichi, Josuke Higashikata et Okuyasu Nijimura sont en train d'enquêter sur un garçon avec des cicatrices aux bras, c'est-à-dire lui. Soudain, un délinquent casse le stylo d'un camarade et Josuke restaure le stylo sous les yeux de Takuma, montrant sans le savoir son Stand à Takuma. Avec l'aide de ses amis et aussi de Yukako, Koichi continue de rechercher le coupable dans son lycée pendant une semaine. A la fin, Josuke essaie de voir sous les manches de l'uniforme de Takuma sous prétexte de vouloir réparer sa montre. Takuma refuse de retrousser ses manches, ce qui rend Josuke suspicieux, mais Okuyasu vient lui dire qu'on vient de trouver 30 autres garçons avec des marques rouges au bras, ce qui soulage la pressions sur Takuma.
Pour sa part, Chiho se remémore une réplique que son mystérieux sauveur avait dit et que Takuma a répété d'une façon étrangement similaire. De plus, Takuma semble avoir une fixette sur Hanae Orisaka la femme qu'on a trouvée morte chez elle, mais elle préfère ne rien dire pour ne pas gâcher leur relation.
Dans le passé, cela faisait sept jours qu'Akari était coincé dans l'allée sans pouvoir appeler à l'aide. Son isolement commençait réellement à lui peser. Teruhiko revint pour la proposer d'écrire sur une note l'endroit où elle avait cachée l'argent, promettant qu'elle serait libre après l'avoir récupérée. Il la tourmentait aussi en mentionnant ses parents, qui croyaient qu'elle avait quitté le pays. Cependant, Akari décida de ne pas céder à Teruhiko.
Dans le présent, Takuma réfléchit sur "The Book" et ses pouvoirs. Certains mauvais souvenirs (par exemple la fois où une voiture l'a percuté, la fois où il s'est taillé les veines, où la fois ou il a eu la grippe...) sont stockés dans des "chapitres interdits" de The Book. Avant de prendre rendez-vous avec Chiho, il décide d'écrire une lettre pour Josuke et y place une page des chapitres interdits. Pendant son rendez-vous avec Chiho, celle-ci l'emmène dans le restaurant de Tonio Trussardi pour guérir son rhume et les plats le guérissent miraculeusement. Sur le chemin du retour, un homme autre homme les agresse et Takuma s'interpose pour la protéger. Chiho réalise pour de bon que Takuma est bien son protecteur d'il y a cinq ans et l'enlace dans ses bras. Contrairement à la joie de Chiho, Takuma reste concentré sur sa mission. On apprend alors que le père de Chiho est Teruhiko Oogami, qui a changé d'identité et s'est remarié il y a 17 ans.
Plus tard, quelqu'un sonne à la porte des Higashikata. Quand Tomoko ouvre la porte, elle ne voit qu'une lettre adressée à Josuke sans timbre ou adresse d'émetteur. Elle décide d'ouvrir l'enveloppe et de consulter la lettre. C'est alors que Josuke, venant près de sa mère, la voit inconscience avec de multiples coupures aux bras.
Dans le passé, Akari pensa à un voyage en Europe qu'elle a fait avec Teruhiko, pendant lequel il s'est coupé sur une Flèche, tomba très malade pendant un temps mais se rétablit finalement. Akari se réveilla alors en entendant Teruhiko lui jeter des vivres. Il prévoyait de la garder en vie dans l'allée, la piégeant et l'isolant avec son pouvoir, et de la torturer jusqu'à ce qu'elle révèle où était l'argent. Etrangement, Akari réalisa que cela faisait 50 jours qu'elle était coincée et pourtant elle n'avait pas eu à utiliser les produits d'hygiène féminine que Teruhiko lui donnait.
Koichi et Rohan apprennent la nouvelle de l'attaque sur Tomoko. Celle-ci a heureusement survécu et Rohan lui efface la mémoire pour qu'elle ne soit pas perturbée. Les héros en apprennent plus sur le coupable, car Rohan voit la mention d'un parc avec des balançoires visible depuis la fenêtre de la maison du tueur, mais Josuke lui est surtout en colère qu'on ait pu s'attaquer à sa mère. Pendant un mois, ils enquêtent sur les parcs de Morioh mais ne trouvent rien. Le jour de la fin d'année, le 17 mars 2000, Josuke et Koichi repèrent par hasard un orphelinat et décident d'enquêter là.
Dans le passé, Akari avait informée Teruhiko qu'elle était enceinte mais il l'a laissé dans l'allée. Elle considéra alors l'abortion ou le suicide, mais lorsque le bébé bougea dans son ventre, Akari se sentit apaisée par la présence de son enfant. Après plusieurs mois de captivité, Akari vit un chat et eut l'idée de cacher un appel à l'aide dans le collier de l'animal, disant qu'elle avait une grande somme d'argent cachée. Le soir du Nouvel An, une femme la contacta depuis le toit de l'immeuble et tenta Akari en disant que si Akari l'aide à retrouver l'argent alors elle aiderait Akari à s'échapper. Cependant, Akari se méfia car la femme semblait connaître le montant exact. Quand la femme revint avec une échelle de cordes, Akari monta l'échelle à moitié pensant au fait que l'argent était dans l'allée avec elle, mais Teruhiko apparut et devina son plan. Il la força alors à redescendre. La femme était Hanae Orisaka et était la propriétaire du chat, et avait essayé de duper Akari. Sachant que personne ne viendrait alors à son aide, Akari sombra dans le désespoir.
Dans le présent, Chiho invite Takuma chez elle pour diner. Takuma rencontre alors le père de Chiho, qui l'accueille chaleureusement. Pendant ce temps, Josuke et Koichi découvrent enfin que le coupable était bien Takuma Hasumi grâce au témoignages du personnel de l'orphelinat. On apprend que Takuma avait rencontré Hanae Orisaka peu après sa naissance et avait vu une broche très rare sur elle. Des années plus tard, en utilisant The Book, Takuma l'avait retrouvé et l'avait suivie, apprenant comme çà sa connexion avec un certain homme. Le 3 janvier 2000, Takuma tua alors Hanae Orisaka en lui envoyant une page de The Book contenant le souvenir de la fois où une voiture avait percutée Takuma. Avec le pouvoir de l'empathie, le corps de Hanae se blessa lui-même car en touchant une page de The Book, on pouvait littéralement "revivre" ce souvenir. C'est la méthode que Takuma employait pour tuer ses victimes, bien qu'il fallait que la personne puisse lire le texte. Présentement, Takuma feint avoir un bon dîner avec Chiho et Teruhiko Futaba. Alors que Chiho va chercher un manuscrit qu'elle souhaite leur montrer, Takuma note que leur maison est très confortable. Il invoque The Book, ce que voit Teruhiko qui parle de son propre pouvoir d'isoler un endroit spécifique et se remémore la fois où il a bien faillit tout perdre avant que son problème ne soit résolu. En réponse, Takuma plaisante avec Teruhiko en disant qu'il voudrait se marier avec Chiho. Avant de partir, Takuma offre à Chiho un collier avec une gemme noire. Plus tard, Teruhiko reconnait ce collier
Dans le passé, Akari pensa à sa vie tragique. Elle décida alors de se sacrifier pour que son bébé puisse quitter l'allée. Après plus de 10 mois dans l'allée, Akari sentit enfin la naissance imminente de son enfant.
Josuke et Koichi repartent de l'orphelinat et se mettent d'accord pour lui rendre visite le lendemain. Il appelle alors Yukako, qui lui informe que la maison de Chiho est en feu. En appelant chez les Higashikata, Koichi apprend que Josuke n'est toujours pas revenu et réalise que Josuke est parti pourchasser Takuma. Il appelle Josuke, qui est entré dans la maison de Takuma et a vu qu'elle est vide. Koichi devine alors que Takuma pourrait être au Bâtiment Epineux, en informe Josuke, et appelle Okuyasu à l'aide. Dans ce même bâtiment, Takuma lit le manuscrit de Chiho, une histoire d'amour à Morioh. Il voit la maison de Chiho en flamme et, sentant qu'il a accompli sa vengeance, se prépare à partir. Cependant, Okuyasu est arrivé à la bibliothèque et confronte Takuma.
Takuma est armé de trois couteaux de lancer. Son premier couteau est cependant effacé par The Hand. The Hand peut effacer l'espace, entravant les mouvement de Takuma et rendant difficile toute attaque contre Okuyasu. Impressionné, Takuma nomme son propre Stand "The Book". Takuma essaie de lancer ses deux couteaux restant presque en même temps, pour qu'Okuyasu ne puisse pas se défendre. A sa grande surprise, Okuyasu continue d'avancer sans penser, et deux c'est la poignée du second couteau qui frappe la poitrine d'Okuyasu. Takuma essaie de duper Okuyasu pour le faire lire un des chapitres interdits, mais Okuyasu ferme les yeux, puis renverse une étagère à livres sur Takuma pour le piéger. Cependant, Takuma cache The Book parmi les livres dispersés et Okuyasu lit The Book par accident, et attrape la grippe. Okuyasu est neutralisé par la maladie et Takuma s'échappe. Cependant, Okuyasu a prit la précaution de verrouiller toutes les sorties et Takuma est forcé de passer par le toit.
Alors qu'il monte les escaliers, Takuma a le temps de se resasser tout ce qu'il a vécu avec Chiho, sa demi-sœur. Il se sent coupable de l'avoir manipulée et se dégoûte lui-même, mais sait aussi qu'il ne l'a jamais aimée. Sur le toit, Takuma est cependant rattrapé par Josuke. En utilisant Crazy Diamond, Josuke détruit un mur de brique et en lance un morceau sur Takuma, qui réalise à quel point il est dangereux. Takuma se cache derrière une flèche du toit et surgit pour faire lire un chapitre interdit à Josuke. Josuke sait cependant aussi qu'il doit fermer les yeux. Takuma en profite pour lancer son couteau vers Josuke, mais il est blessé et manque sa cible. Josuke lui lance un morceau de mur qui atteint Takuma au dos. Acculé, Takuma décide de déstabiliser psychologiquement Josuke. Comme le passé de Josuke est connu parmi les lycéen, Takuma prétend qu'il pourrait reconnaitre le Sauveur de Josuke et l'aider à le retrouver ; il convainc alors Josuke de lui laisser consulter The Book. Il lance alors un stylo plume vers Josuke. Crazy Diamond détruit le stylo mais Josuke est aveuglé par l'encre. Alors qu'il atteint Takuma, Josuke lit des chapitres interdits que lui montrent Takuma. Malgré la douleur, Josuke a assez de volonté pour compléter son attaque et le frappe avec Crazy Diamond. The Book perd alors un grand nombre de pages qui se dispersent aux quatre vents.
Dans le passé, Akari donna enfin naissance à son enfant, un petit garçon. A l'âge de 12 ans, Takuma retrouva enfin le corps de sa mère dans l'allée, et reparti avec une carte postale et le collier d'Akari, jurant de se venger de son père.
Dans le présent, Takuma se dit qu'il a perdu tellement de page qu'il peut désormais montrer rapidement à Josuke la fois où il a tenté de se suicider, un coup qui serait définitivement fatal. Josuke et Takuma invoquent leurs Stands et s'attaquent mutuellement. En déroulant The Book, Takuma revit toute sa vie et cela le ralentit. Josuke peut le frapper dans le thorax et Takuma tombe du rebord du toit. Josuke se précipite pour l'attraper. Takuma se souvient de ses premiers souvenirs dans l'allée. Il se souvient que sa mère souhaitait qu'il "n'oublie jamais", et Takuma n'oublia jamais rien. Dans le présent, Josuke a rattrapé la manche de la veste de Takuma, mais Takuma décide de se la déboutonner. Il tombe alors du bâtiment et meurt en voyant les pages de The Book se désintégrer.
Dans le passé, l'enfant naquit enfin, et Akari Hirai fut remplie de joie à la vue de sa progéniture. Akari tomba alors d'accord pour que Teruhiko le récupère dans un panier. Hanae Orisaka le plaça sur le parvis d'un orphelinat et Teruhiko put donner à Akari une photo de Takuma en sécurité. Akari avoua alors que l'argent était avec elle depuis tout ce temps. Teruhiko la laissa alors mourir.
Le 17 mars 2000, l'incendie chez les Futaba a enfin été stoppé. On a retrouvé le corps de Teruhiko Futaba, qui a été poignardé avant d'être brûlé. Chiho Futaba est la première suspecte. On a aussi retrouvé le corps de Takuma Hasumi. La police prit note de la relation entre Chiho et Takuma, mais Chiho a disparue. Pour leurs part, Josuke et Okuyasu recouvrent de leurs blessures à l'hôpital. Il apprennent l'histoire de Takuma et Chiho, mais l'affaire est classée et tous reprennent le cours de leur vie.
Koichi rencontre alors par hasard Chiho à la station de bus pour aller à la ville de S. Koichi et elle parlent alors en attendant le bus. Chiho explique que c'est sa mère qui l'a cachée de la police. Koichi en demande plus sur Takuma, mais Chiho pleure quand elle entend son nom. Koichi réalise en voyant le ventre de Chiho qu'elle est enceinte. Chiho dit alors qu'elle ne hait pas Takuma, mais que leur bébé donnera un sens à sa vie, que la vie de Takuma n'aura pas été vaine en fin de compte. Chiho dit à Koichi de saluer tout le monde pour elle avant de monter dans le bus pour la ville de S, et Koichi prie pour qu'elle et son enfant aient une vie heureuse.
26 Novembre, 2007 
