Джонатан Джостар представлен как игровой персонаж J-Stars Victory VS, наряду с Джозефом Джостаром (Часть 2) он представляет серию JoJo's Bizarre Adventure в игре.
Цветовая гамма Джонатана повторяет его внешний вид в ТВ-аниме адаптации. Он разделяет одну боевую тему с Сэйей (из франшизы SAINT SEIYA), она называется "Brave Soldiers" ("Храбрые Солдаты").
Джонатан кратко представлен в опенинге игры, его можно увидеть среди других героев Jump, он также наблюдает за гонкой Гинтоки против Рёцу (из франшизы KOCHI-KAME).
Мувсет Джонатана состоит из атак, представленных в Части 1. Его основной стиль геймплея - обычные цепочки комбо, завершающиеся приёмом Солнечно-Жёлтый Овердрайв (он может продолжаться до 49 ударов), либо дальней атакой Zoom Punch, идущей по полу волной Алого Овердрайва на дальней дистанции, а также 3-ударным комбо с мечом Luck & Pluck, который наносит большое количество урона. Помимо атак, схожих с мувсетом Джонатана из All-Star Battle, у него есть и новые приёмы с использованием копья (с помощью которого он сражался против Дио в особняке Джостаров) и заряженной атаки-рывка, она продолжается до тех пор, пока он не ударит свою цель плечом.
Его особый приём - усиленная версия Солнечно-Жёлтого Овердрайва, переходящая в Алый Овердрайв и отбрасывающая противника. Некоторые из его знаменитых поз представлены в ходе насмешки и на экране вступления/победы.
(Последовательные нажатия для повторных ударов)
+ 
+ (После попадания по цели нажать для проведения 3 доп. ударов)
во время Победного Взрыва
(Удерживать для заряда) + + / / 
во время рывка + / + 
/ + 
/ + 
во время прыжка во время прыжка + сразу перед получением удара или в момент приземления после отбрасывания в воздух или сбивания с ног когда шкала напряжения заполнена
по противнику, подброшенному в воздух союзником по противнику, сбитому с ног после успешной комбо-атаки союзника для атаки противника, сбитого с ног успешной перекрёстной цепочкойРоль Джонатана в Режиме Истории ограничена краткими появлениями. Во время арки команды Торико игрок управляет дуэтом Гинтоки Саката (из франшизы GINTAMA) и Боа Хэнкок (из франшизы ONE PIECE), оба они заявляют, что видели человека, идущего к ним по воде. Им оказывается Джонатан, который вызывает на бой команду игрока, утверждая, что тренировался для победы над Дио (вероятно, говорит о тренировках Хамона под руководством Цеппели, после которых он смог преследовать Поко по воде). После битвы Джонатан удивлён своему проигрышу и понимает, что ему нужно продолжать обучение, а затем представляется со словами "Моё имя - Джонатан... Джонатан Джостар."
У него нет никаких особых диалогов с Джозефом, но они оба показаны как соперники в одном из промо-видео для западной версии игры, J-Stars Victory VS +, где их битва названа "WHEN GRANDSON MEETS HIS GRANDFATHER!" ("Когда Внук Встречает Деда"). Что странно, в трейлере задаётся вопрос "IS THE FLAME OF YOUTH STRONGER THAN THE WISDOM OF AGE?" (Что Сильнее, Пламя Юности или Мудрость Зрелости?"). Это ошибочно подразумевает, что Джонатан, будучи дедом Джозефа, гораздо старше последнего и всё ещё жив, когда Джозефу исполнилось 18 лет. Тем не менее, игровое воплощение Джонатана показывает его в возрасте лишь на два года старше Джозефа, так как два персонажа относятся к совершенно разным временным периодам.
